תושבי כפר נחום השתתפו במרד הגדול נגד הרומאים ומאז ימיו של ישוע התגוררה בעיירה קהילה מעורבת של יהודים ונוצרים. במדרש רבה מסופר: "…חנניה הלך לכפר נחום ועשו לו המינים (הנוצרים בפי חז"ל) דבר מה והכניסוהו רוכב על גבי חמור בשבת …" (קוהלת רבה). העיירה חרבה במאה הרביעית וזכר נותר לה בזמננו בשם הערבי של המקום "תלחום".

קדושתו של בית הכנסת לנוצרים הביאה לכך שהנזירים הפרנציסקנים רכשו את השטח בשנת 1894. על-פי ממצאי החפירות, נבנה בית הכנסת במאה הרביעית, בימיו של הקיסר יוליאנוס (המכונה "יוליאנוס הכופר"). לא נמצאו במקום שרידי בית הכנסת מתקופה קדומה יותר.

הבניין בן שתי קומות בולט בקירותיו הלבנים שצבעם מהווה ניגוד לבנייה באבן בזלת השחורה של העיירה. הסברה שהאבנים הלבנות, אבני גיר מסותתות היטב, הובאו לכאן ומדובר בשימוש משני בחלקי מבנים עתיקים בבניה מאוחרת יותר (ספוליה). המסד התחתון של המבנה עשוי אבני בזלת. הארכיאולוגים הפרנציסקנים שחפרו במקום טוענים שמסד זה שייך לבית הכנסת המוקדם של כפר נחום, המוזכר בברית החדשה כבית הכנסת אשר שר המאה הרומי בנה לקהילה היהודית במקום (לוקס ז', 5), ובו התפלל ישוע פעמים אחדות.

בחזית בית הכנסת הפונה לירושלים היו 3 כניסות ולפניהן רחבה גדולה. 16 עמודים בצורת "ח" חילקו את האולם הגדול (18X20 מטרים) ותמכו את גגו. לאורך הקירות הוצבו ספסלי אבן למתפללים. הבניין קושט בעיטורים חקוקים באבן: מנורת שבעת הקנים, שופר, מחתה, תגליף של ארון קודש על גלגלים, כפות תמרים, אשכולות ענבים, רימונים, נשרים, אריות וצורות גיאומטריות. בקומה השנייה הייתה עזרת הנשים וממזרח לבניין, וצמודה לו, הייתה חצר סגורה בקיר גבוה.

לכבוד מקימי הבית כנסת והתורמים עוטרו שני עמודים בכתובות, האחת בארמית והשניה ביוונית:

על עמוד אחד נחקקה כתובת בארמית מהמאה הרביעית: "חלפו בן זבידה בן יוחנן עשה העמוד הזה. תהיה לו הברכה".
על העמוד השני נחקק ביוונית: "הורדוס בן מוקינוס ויוסטוס (ג'סטוס) בנו, יחד עם הילדים, הקימו את העמוד".

על עמוד שלישי באולם בית הכנסת חקוקים שמו ופועלו של הנזיר הפרנציסקני גאודנציו אורפלי אשר עמד בראש משלחת החפירות ושיקום בית הכנסת בשנים 1921-1926. אורפלי נהרג בתאונת דרכים.

קדמו למשלחת הארכיאולוגים הפרנציסקנית בראשות אורפלי, היינריך קוהל וקרל ואצינגר' שערכו חפירה ארכיאולוגית ראשונה במקום בשנת 1905 במסגרת סקר מקיף שלהם על בתי כנסת עתיקים בגליל. השניים חשפו כמעט את כל האתר, אך משביקשו לחזור ולהשלים את חפירתם שנתיים לאחר מכן, סירבו האבות הפרנציסקנים לאפשר להם את הדבר.

נשאלת השאלה כיצד זה באותו מקום מתפקדים, בו-זמנית, כנסיה מפוארת ובית כנסת ? אין תשובה חד-משמעית לכך. עלו מספר הצעות, ביניהן: הקהילה כאן היתה על קו מעבר בין שתי יחידות גיאופוליטיות. קו הגבול בין יורשיו של הורדוס עבר באזור זה ועל כן התאפשרה פעילותם במקביל.

יונתן הרציגר- מורה דרך